Deň, kedy Nemecko napadlo Poľsko (1. septembra 1939), vyšiel na prvý piatok v mesiaci. Karol išiel skoro ráno do katedrály na Waweli na spoveď k P. Figliewiczovi a na svätú omšu. Pri najsvätejšej obeti počul hlas sirén a výbuchy bômb zhadzovaných na Krakov nemeckými lietadlami.
Po svätej omši bežal hneď domov. Spoločne s otcom sa rozhodli, že pred postupujúcimi nepriateľskými vojskami utečú na východ. Utekali spolu s tisíckami Poliakmi. Zem bola bombardovaná nemeckými lietadlami, veľa ľudí zahynulo.
Dňa 17. septembra boli Karol s otcom neďaleko Sanu vo vzdialenosti asi 200 km od Krakova. Vtedy dostali tragickú správu, že od východu vkročili do Poľska ruské vojská. Útek na východ teraz nemal zmysel, museli sa vrátiť do Krakova, v ktorom už boli Nemci.
Na Waweli sa ubytoval generálny gubernátor Hans Frank. Začali strašné roky okupačného teroru. Vysoké a stredné školstvo bolo zlikvidované. Poliaci nemali žiadne práva, boli braní ako menejcenní. Nemci ničili knižnice a všetky stopy poľskej kultúry.
Potravinové lístky poskytovali len 900 kalórií na deň. Za najmenšie prekročenie okupantských nariadenia hrozila smrť alebo koncentračný tábor.
Zvláštnym objektom prenasledovania sa stala poľská inteligencia, duchovenstvo a katolícka cirkev, ktorú okupanti považovali za strážcov národnej kultúry. Z poľských kňazov bolo 3646 uväznených v koncentračných táboroch a 2647 zavraždených. Roky hitlerovskej okupácie boli poznamenané ustavičným terorom, pouličnými raziami, hromadnými popravami a transportmi do koncentračných táborov.
"Vojna radikálne zmenila beh môjho života," napísal Ján Pavol II. "Po pravde povedané, profesori Jagelovskej univerzity sa napriek tomu snažili zahájiť nový akademický rok, ale prednášky trvali len do 6. novembra 1939. V ten deň nemecké úrady zvolali profesorov na schôdzu a všetkých tých ctihodných mužov vedy deportovali do koncentračného tábora Sachsenhausen. Tak skončilo v mojom živote obdobie štúdia polonistiky a začalo obdobie nemeckej okupácie, počas ktorého som sa spočiatku snažil veľa čítať a písať. Moje prvé literárne práce pochádzajú práve z tejto doby."
Počas hitlerovskej okupácie boli zemiaky základnou potravinou, ktorú sa Karolovi a jeho otcovi darilo získavať. Varili si ich a ochucovali kúsočkom margarínu a cibuľou. Každý muž medzi 14. a 60. rokom života musel mať prácu, nezamestnaní boli odvážaní na nútené práce do Nemecka.
V prvom roku vojny pracoval Lolek v zásobovacej reštaurácii. Nebola to ťažká práca a vďaka tomu mal čas tajne pokračovať v štúdiách. Maximálne využíval čas, veľmi dlho čítaval a intenzívne sa učil po francúzsky. Znovu čítal Mickiewicza, Słowackého, Conrada a Wyspiańského, pričom nikdy nezanedbal každodenné čítanie Biblie.
"Aby som ušiel deportácii na nútené práce do Nemecka," spomína Ján Pavol II., "začal som na jeseň roku 1940 pracovať ako robotník v kameňolome spojenom s chemickou továrňou Solvay."
V kameňolome na Zakrzówku sa lámal vápenec na výrobu sódy v chemickej továrni Solvay. Boli tam veľmi ťažké a nebezpečné pracovné podmienky, predovšetkým zima.
Lolek musel každý deň naložiť vápencovými kameňmi celý vagón. Mladí a neskúsení robotníci nemohli takúto normu splniť. Ešte šťastie, že ich nadriadenými boli dobrí Poliaci, ktorí im tieto normy tajne znižovali. Ale celý deň bolo treba rozbíjať vápenec a nakladať ho do vagónu.
Povolená bola len pätnásťminútová prestávka na raňajky, ktoré si musel každý priniesť z domu. Obvykle to bol chlieb s marmeládou a káva z melty.
Po skončení práce v 15,00 sa Lolek vracal domov v drevákoch a v oblečení z hrubého ľanového vlákna a cestou sa pokúšal zohnať niečo na jedenie: pár zemiakov, kapustu, alebo fazuľu.
Nemci prestali otcovi vyplácať dôchodok, a tak skromná Karolova výplata musela stačiť na obživu oboch.
V októbri bol Karol preložený z továrne Solvay k práci v čističke vody v Borku Fałęckim.
Najčastejšie chodil na nočnú smenu. Podmienky tu boli neporovnateľne lepšie. Mohol si nájsť čas na čítanie aj na modlitbu.
Zvlášť obľúbeným Karolovým čítaním bola knižočka, ktorú vtedy objavil. Bol to "Traktát o pravej pobožnosti k Panne Márii" od sv. Ľudovíta Grignon Montfort.
V roku 1968 kardinál Wojtyła spomína: "Vlastnil som túto pobožnosť k Panne Márii aj ako malé dieťa, gymnazista aj vysokoškolák, ale aký je obsah a hĺbka tejto pobožnosti, to ma naučila táto knižočka."
Totus Tuus (celý tvoj), tieto dve slová prevzaté z tejto knižočky sa stala devízou spirituality a služby Karola Wojtyłu ako kňaza, biskupa, kardinála aj pápeža.
"Hľa, som celý tvoj a všetko, čo je moje, je tvoje, ó môj najmilší Ježišu, skrze Máriu, tvoju Najsvätejšej Matky," týmito slovami z traktátu sa modlil a vždy je vypisoval na svoje rukopisy.
Keď sa ráno po práci v továrni Solvay vracal Karol domov, išiel najprv na svätú omšu do kostola otcov redemptoristov na Podgórzu. Po rokoch spomínal, že z Eucharistie čerpal "veľkú silu pre tie ťažké roky, akými boli roky okupácie".
Vďaka práci v kameňolomoch a čističke vody spoznal Karol Wojtyła význam práce aj mestský proletariát, ich prostredie, ich rodiny, ich záujmy, ich ľudskú hodnotu a dôstojnosť.
Mladý Karol sa naučil, že práca je úlohou, ktorú Boh zveruje človeku, aby panoval nad zemou a mal účasť na stvoriteľskom diele samotného Boha.
V tejto dobe malo veľký vplyv na utváranie Karolovej osobnosti prostredie jeho farnosti sv. Stanislava Kocky v Dębnikách.
Svätý otec takto spomína: "Farnosť spravovali otcovia saleziáni, ktorí boli jedného dňa deportovaní nacistami do koncentračného tábora. Zostal tam len starý pán farár a inšpektor provincie, všetci ostatní boli internovaní v Dachau. Myslím, že v procesu utvárania môjho povolania hralo saleziánske prostredie veľkú úlohu. V tejto farnosti nad iné vynikala osobnosť Jána Tyranowského. Povolaním bol úradník, ale zvolil si prácu v krajčírstve svojho otca. Tvrdil, že práca krajčíra mu uľahčuje vnútorný život. Bol to človek hlboko duchovný. Otcovia saleziáni, ktorí sa v tej ťažkej dobe opäť odvážne ujali oživenia pastorácie mládeže, mi zverili zaujímavú úlohu v rámci tzv. ,Živého ruženca'. Jan Tyranowský plnil túto funkciu nielen z organizačného hľadiska, ale staral sa aj o duchovnú formáciu mladých, ktorí sa s ním stýkali. Tak som sa naučil základným metódam sebavýchovy, ktorý potom výchovný proces v seminári ďalej rozvíjal. Tyranowský sa sám nechal formovať spismi svätého Jána z Kríža a svätej Terézie z Avily a práve on ma prvýkrát uviedol do čítania ich diel, čo bolo na môj vek neobvyklé."
Práve vďaka Tyranowskému Karol prvýkrát vo svojom živote siahol po najnádhernejších perlách kresťanskej spirituality, po dielach najväčších mystikov: sv. Jána z Kríža a sv. Terézie z Avily. Naučil sa dôsledne kráčať cestou temnej noci viery k plnému spojeniu s Bohom. Táto cesta vedie tromi etapami: očisťovaním, osvietením a spojením.
Ján Pavol II. v rozhovore s André Frossardom povedal: "Najdôležitejšie je, že prostredníctvom Jána Tyranowského som bol uvedený do nového sveta, o ktorého existencii v sebe som predtým nevedel."
Inokedy spomína: "Ťažko možno zabudnúť na rozhovory s Jánom. Jeden taký mi stále zostáva v pamäti, keď tento prostý človek, ktorý sa spovedal z nedostatku výrečnosti, do neskorých nočných hodín hovoril o tom, kto je Boh, či skôr čo je to život s Bohom. Nečítal vtedy z papiera slová niekoho iného, hovoril sám zo seba. Bolo to niekedy v júli, deň pomaly končil, Jánove slová boli stále osamotenejšie v nadchádzajúcej tme a stále hlbšie zapadali a uvoľňovali v nás ony skryté hlbiny evanjeliových možností, v ktorých neboli obavy."
18. mája 1941 zomiera na infarkt vo veku 62 rokov Karolov otec. Bol chorý od Vianoc 1940. Zomrel v noci, keď bol syn v práci. Toho rána priniesol Karol otcovi ako obvykle lieky a obed od manželov Kydryńských. Keď spoznal, že otec nežije, bežal ihneď za kňazom. Celú noc sa kľaku modlil pri tele milovaného otca. Bola to pre neho jedna z najbolestnejších skúšok v živote. Nemal už z najbližšej rodiny nikoho.
Po svätej omši, ktorú slúžil P. Figliewicz, bol kapitán Karol Wojtyła pochovaný na krakovskom cintoríne.
Otec Karolovi zanechal najcennejšie životné ponaučenie, aby mal na seba vysoké nároky a čo najsvedomitejšie plnil svoje povinnosti. Po otcovej smrti začal Karol ešte intenzívnejší život modlitby než doposiaľ.
V lete 1941 sa u Karola ubytoval Mieczysław Kotlarczyk so svojou ženou. Práve vtedy sa vďaka jeho iniciatíve zrodilo ilegálne Rapsodické divadlo, ktoré pôsobilo tajne po celú dobu okupácie. Jedným z jeho pilierov bol mladý Karol Wojtyła. S nasadením života bolo pripravených 7 hier a odohraných 22 predstavení. Hlavným cieľom činnosti tohto konšpiračného divadla bolo ukázať nezničiteľnosť poľskej kultúry a obnovovať dušu národa.
Nepochybne, aj divadelná činnosť utvárala Karolovu osobnosť, učila ho umeniu hovoriť a nadväzovať kontakt s poslucháčmi.
Po otcovej smrti začína v Karolovi pomaly dozrievať myšlienka na kňazstvo. Na jeseň roku 1942 sa mladý Karol prihlásil v rezidencii krakovského arcibiskupa a požiadal o prijatie do tajného kňazského seminára. Za okupácie boli kandidáti do seminára prijímaní tajne a prednášky prebiehali ilegálne v úplnom utajení pred okupantským režimom.
Karol po započatí tajných štúdií seminára ďalej pracoval v Borku Fałęckim a pokračoval vo svojej činnosti v Rapsodickom divadle, tiež utužoval i kontakty s Tyranowským a P. Figlewiczem.
V týchto hrozných rokoch okupácie mal veľké šťastie, lebo sa mu vždy podarilo uniknúť prehliadkam, raziám aj transportu do koncentračného tábora.
Ale 29. februára 1944 mal veľmi vážnu nehodu. Keď sa vracal z práce v Borku Fałęckim domov, prichádzajúce nemeckej nákladné auto do neho vrazilo tak silno, že stratil vedomie. Karola, ležiaceho na ulici zachránila pani Jozefa Florek, ktorá keď videla, čo sa stalo, vyskočila z električky a chránila ho pred prichádzajúcimi vozidlami. Podarilo sa zastaviť jeden automobil, v ktorom - ako sa ukázalo - išiel nemecký dôstojník. Keď zistili, že Karol žije, dôstojník zastavil nákladné auto a nariadil previezť raneného do mestskej nemocnice.
Karol mal otras mozgu a početné poranenia. Musel dva týždne ležať na lôžku. Bola to pre neho, ako sám neskôr napísal, zvláštna "doba rekolekcie, ktorá mu Pán Boh vymyslel".
Keď vypuklo varšavské povstanie, Nemci v Krakove zorganizovali masovú akciu po celom meste a zatkli mladých ľudí, aby nedošlo k novému povstaniu. Po tejto čiernej nedeli pozval biskup Sapieha do svojej rezidencie všetkých klerikov a do konca vojny ich tam ukrýval.
Od 7. augusta 1944 až do konca vojny býval Karol s ostatnými klerikmi a študoval v dome arcibiskupa.
18. januára 1945 oslobodili vojská Červenej armády Krakov od nemeckej okupácie. Klerici sa mohli konečne presťahovať do budovy seminára. Život sa pomaly vracal do normálu.
Karol končil 3. ročník teológie. Z vlastného rozhodnutia žil vo veľkej chudobe. Keď od svojho priateľa M. Kotlarczyka dostal nový sveter, dal ho pri najbližšej príležitosti žobrákovi.
Jeho fascinácia spiritualitou a dielami sv. Jána z Kríža ho viedla k intenzívnemu štúdiu španielčiny, pretože chcel diela tohto mystika čítať v originále.
18. februára 1946 bol arcibiskup Adam Stefan Sapieha menovaný kardinálom.
Pri prednáškach klerikom vštepoval, že podstatou každého dobre prežívaného kňazského povolania je umierať sebe, obetovať sa, dávať sa ako nezištný dar Kristovi a druhým ľuďom.
Začiatkom júla 1946 urobil Karol Wojtyła všetky záverečné skúšky teologického štúdia. Kardinál Sapieha rozhodol, že Karol Wojtyła bude na jeseň vyslaný na ďalšie štúdiá do Ríma. Preto urýchlil jeho kňazskú vysviacku.
Celý október sa Karol v rekolekcii intenzívne pripravoval na prijatie sviatosti kňazstva.
Kňazské svätenie prijal ráno 1. novembra 1946 v súkromnej kaplnke krakovského arcibiskupa.
Masima