Ako mladý kňaz začal Karol Wojtyła publikovať na stránkach týždenníka Tygodnik Powszechny prvé články a eseje, a neskôr aj texty, zaoberajúce sa problémami morálnej povahy, zhrnuté pod spoločným názvom Etický šlabikár. S čitateľmi Tygodnik, ale aj Znaku sa delil o svoje reflexie na tému kresťanskej antropológie či manželskej čistoty. Zložitý jazyk článkov však spôsoboval, že začítať sa do Wojtyłovej myšlienky bolo pre čitateľa zakaždým priam výzvou.
Podobne obtiažnym čítaním boli Karolove básne, publikované pod pseudonymom Andrzej Jawień a Stanisław Andrzej Gruda. Už samotná skutočnosť, že sa autor pustil do poézie, bolo prejavom jeho hlbokého presvedčenia, že skutočnosť nemožno pojať len pomocou jediného nástroja. Preto sa ku kňazovým teologickým a filozofickým výpovediam pridala aj umelecká s formou expresie jej vlastnej.
Básne, ktoré vyšli z Wojtyłovho pera - hoci sa odvolávali na rôzne skúsenosti, ktoré patria k ľudskému údelu - boli v podstate pokusom zachytiť to, čo je v ľudskej kondícii základné: rozhodnúť sa buď pre stratu človečenstva, alebo pre svätosť.
Otázka voľby v mene "väčšej slobody" bola tiež osou Wojtyłovej drámy Brat nášho Boha, ktorá vznikla v roku 1950 a zaoberala sa životnou cestou sv. brata Alberta.
V roku 1951 po dvojročnej službe P. Wojtyłu v kostole sv. Floriána a po smrti kardinála Sapieha nasmeroval vtedajší administrátor krakovskej diecézy P. Eugeniusz Baziak mladého kňaza na vedeckú prácu.
V praxi to znamenalo preloženie na Kanonickú ulicu a - ako spomína pápež - "bolo to spojené s určitým obmedzením pastoračných záväzkov, ku ktorým sa tak dralo moje srdce. Stálo ma to veľa, ale od tej doby bolo mojou stálou starosťou, aby som - keď sa venujem vede, štúdiu teológie a filozofie - nielen, nezabudol 'byť kňazom, ale skôr aby mi to napomáhalo byť ním ustavične plnším spôsobom" (Dar a tajomstvo).
Kňaz Karol každý deň slúžil svätú omšu v kostole sv. Kataríny, prvé piatky v mesiaci slávil svätú omšu pre vedeckých pracovníkov a študentov v akademickom kostole sv. Anny a v pôstnom období mal rekolekcie u sv. Floriána.
Po roku sa stal spovedníkom v mariánskom kostole. Habilitácia, ktorú robil z etiky a morálnej teológie, vyžadovala prebádať filozofickú myšlienku Maxa Schelera a zložitý preklad z nemčiny. Wojtyła, ktorý bol podobne ako Scheler, presvedčený o potrebe spojiť filozofiu s praktickým životom, chcel zistiť, do akej miery môže systém nemeckého filozofa pomôcť vo formovaní morálnej teológie.
A hoci vo svojej práci P. Karol dokázal, že nie je možné preniesť fenomenologickú ideu na základ kresťanskej etiky, predsa nepovažoval čas venovaný písaniu práce za stratený. Po rokoch spomínal: "Tejto práci vďačím osobne za mnoho. Na základe mojej skoršej aristotelovsko-tomistickej formácii bola teraz naštepená fenomenologická metóda. Umožnilo mi to pokúsiť sa v tejto oblasti o rad vecí. Mám tu na mysli predovšetkým knihu Osoba a čin. Týmto spôsobom som sa zapojil do hlavného prúdu súčasného filozofického personalizmu a toto štúdium prinieslo aj určité pastoračné plody. Neraz si uvedomujem, ako mi veľmi pomáhajú myšlienky obsiahnuté v tejto knihe pri stretnutiach s dnešnými ľuďmi, ale aj pri stretnutiach s veľkým davom veriacich na mojich apoštolských cestách. Táto formácia v kultúrnom kontexte personalizmu mi umožnila hlbšie si uvedomiť, že každý je jedinečnou a neopakovateľnou osobou, a to je pre kňaza-pastiera veľmi dôležité "(Dar a tajomstvo).
Po získaní docentúry začal P. Wojtyła prednášať na vysokej škole, najprv v krakovskom seminári a na teologickej fakulte Jagelonskej univerzity a od roku 1954 z iniciatívy profesora Stefana Swieżawského na Lublinskej katolíckej univerzite. Po dvoch rokoch bol menovaný vedúcim lublinskej katedry etiky a na tomto mieste zostal až do voľby na Petrov stolec.
Wojtyła bol jedným zo spolutvorcov tzv. Lublinskej školy, v ktorej sa profesori filozofie sústreďovali na tajomstvo ľudskej osoby, a chceli tak odpovedať na krízu humanizmu, ktorú spôsobila marxistická ideológia.
P. Karol dokázal plodne spojiť vedeckú vášeň s bezprostredným kontaktom s ľuďmi. Zhromaždil okolo seba doktorandov, s ktorými (podobne ako s profesormi na onom pracovisku) viedol diskusie a upevňoval vzťahy na spoločných lyžiarskych výpravách. Spoznali ho nielen ako vedca a báječného prednášajúceho, ale aj ako človeka žijúceho veľmi skromne. Nezanedbával povinnosti pastorácie akademickej obce a zdravotníkov v Krakove, ale súčasne celý akademický rok dochádzal každé dva týždne nočným vlakom do Lublinu. Keď sa na prednášky oneskoril, ospravedlňoval sa, že má ešte "krakovský čas".
Nocoval v jednej z ubytovní pre dochádzajúcich profesorov v mnoholôžkovej izbe a nikdy nežiadal "jednolôžkovú". Nosil zašlú kleriku, starý kabát a obnosené topánky. Anonymne dával polovicu svojho platu na podporu chudobných študentov. Lublinskí žiaci neraz tiež využívali jeho duchovnú pomoc a žiadali ho o spoveď alebo radu v morálnych a náboženských záležitostiach. Prestávky, kedy s ním nepotreboval nikto hovoriť, využíval k modlitbe v univerzitnej kaplnke.
Dvanásty rok kňazskej služby priniesol P. Karola Wojtyla biskupskú hodnosť. Samotného kňaza rozhodnutie pápeža Pia XII. zaskočilo. Po 45 rokoch túto udalosť opísal takto: "Je rok 1958. Som so skupinou kajakárov vo vlaku smerom do Olsztyn (...). Takzvanému, admirálovi '- pokiaľ sa pamätám, bol to vtedy Zdzisław Heydel - hovorím:, Zdišo, budem musieť kajak opustiť, pretože som dostal pozvanie od otca prímasa (...) a musím sa k nemu dostaviť '.
, Admirál 'na to:, Čo narobíš.'
Tak teda, keď nastal určený deň, opustil som skupinu, aby som dorazil na najbližšiu železničnú zastávku - do Olsztynku. Keďže som vedel, že musím ísť za Primasom v čase, keď budeme schádzať Łynu, prezieravo som nechal vo Varšave u známych sviatočnú kleriku. Nedalo sa k primasovi ísť v tej, ktorú som používal na kajakárskych cestách (...). Takže sme teda najprv išli na kajaku po vlnách rieky, a potom nákladiakom, ktorý vozil vrecia s múkou, a tak som sa dostal do Olsztynku. Vlak do Varšavy odchádzal neskoro v noci. Vzal som si so sebou spacák, pretože som si myslel, že pri čakaní na vlak si trochu zdriemnem a niekoho poprosím, aby ma zobudil. Nebolo to však potrebné, pretože som vôbec nezaspal.
Vo Varšave som sa v určenú hodinu ohlásil v Medovej ulici (...). Keď som zasadol v primasovej kancelárii, počul som od neho, že Svätý otec ma menoval pomocným biskupom krakovskej diecézy. (...) Keď som počul jeho slová, ktorými mi oznamoval rozhodnutie Apoštolskej stolice, povedal som:, Eminencia, som príliš mladý, je mi ešte len 38 rokov. '
Ale primas na to:, To je taká slabosť, z ktorej sa rýchlo liečime. Prosím vás, nestavajte sa proti vôli Svätého otca. '
Povedal som teda jediné slovo:, Prijímam. '
, No, tak pôjdeme na obed, 'ukončil primas "(Vstaňte, poďme!).
Keď Wojtyła opustil sídlo kardinála Wyszyńského, vydal sa k sestrám uršulínkam, aby sa tam pohrúžil do niekoľkohodinovej modlitby. Potom išiel do Krakova na stretnutie s biskupom Eugeniom Baziakem a večer sa vrátil k priateľom na kajaky.
Slávnostné biskupské svätenie sa odohralo 28. septembra 1958 vo wawelskej katedrále. Wojtyła prijal ako heslo na svoj biskupský erb slová Totus Tuus (celý tvoj). Túto výzvu prijal z traktátu O pravej pobožnosti k Panne Márii od sv. Ľudovíta Maria Grignon de Montfort.
Knižočka francúzskeho teológa z prelomu 17. a 18. storočia Karola fascinovala ešte v čase okupácie. Teraz, na prahu svojej biskupskej služby, sa chcel celý odovzdať Márii.
Ako pomocný biskup, člen krakovskej kapituly a potom scholastik kapituly, mal Wojtyła veľa povinností. Napriek tomu nezanedbával vedeckú, ani pastoračnú činnosť. Na základe skúseností s mladými ľuďmi, vznikla jeho prvá kniha nazvaná Láska a zodpovednosť. Skôr než odniesol rukopis do tlače, prediskutoval tézy tejto svojej publikácie so študentmi a priateľmi zo środowiska.
Podobne ako v dráme Pred zlatníckym krámom sa autor aj tu sústredil na základ autentickej manželskej lásky, tj. na potvrdenie osoby pre ňu samu, a na nezištný dar seba samého. V chápaní osoby ako úžitkového predmetu videl protiklady: láska - egoizmus. Učil, že je na mieste vyhýbať sa "využívaniu", keď sloboda jedného človeka sa stretne so slobodou druhého človeka a keď obaja hľadajú spoločné dobro.
Napísal: "Láska nie je nikdy dovŕšená, žene a mužovi je len daná, ale vždy je zároveň úlohou. Tak je treba sa na ňu pozerať: láska akosi nie je, ale sa len ustavične stáva - podľa vkladu každého človeka, podľa jeho základnej angažovanosti."
V takto načrtnutom kontexte pravdy o láske sa tiež objavila otázka sexuálnej etiky. Na prahu 60. rokov, keď sa táto kniha objavila, musel biskup počítať s tým, že výroky cirkevného hierarchu o sexualite sa stretnú s neporozumením značnej časti duchovných. Napriek tomu sa odvážne pustil do tejto témy ľudskej sexuality, vedomý si dôležitosti pojednávať o tejto problematike zrelo. Skúsenosti práce s mladými manželstvami i rozhovory s laickými lekármi, oi. s dr. Wandou Półtawskou, ho v tomto presvedčení utvrdili.
Po smrti arcibiskupa Baziaka v roku 1962 bol Karol Wojtyła krakovskou kapitulou zvolený za kapitulského vikára. Znamenalo to, že do doby vymenovania nového pastiera bude diecézu riadiť.
Ale najväčšou cirkevnou udalosťou roku 1962 bolo začatie II. vatikánskeho koncilu pápežom Jánom XXIII. Wojtyła, ktorý sa zúčastnil koncilových prác od prvého do posledného dňa, bude potom mnohokrát hovoriť o veľkom dare pre Cirkev, pre všetkých, ktorí sa ho zúčastnili, pre celú ľudskú rodinu, pre každého z nás, o dare, ktorým bola táto udalosť, i o dlhu, ktorý bol vtedy urobený voči Duchu Svätému (por. Prekročiť prah nádeje, kap. 24).
Počas všetkých štyroch koncilových zasadaní, ktoré prebehli od roku 1962 do roku 1965 (po smrti Jána XXIII. v júni 1963 zvolaných jeho nástupcom Pavlom VI.) sa Wojtyła zapájal do diskusií o prameňoch Zjavenia, sviatostiach, liturgickej obnovy, úlohy Márie či podstaty Cirkvi.
Z perspektívy mnohoročnej pastoračnej skúsenosti sa vyjadroval k otázke apoštolátu laikov a zdôrazňoval prameň ich povolania a úlohu v živote Cirkvi.
Hlas arcibiskupa z komunistického Poľska, kde boli porušované práva občanov vyznávať vieru, mal zvláštny význam pri vzniku deklarácie o náboženskej slobode. Wojtyłov vklad pre II. Vatikánsky koncil bol však predovšetkým zhodnotený prácou na tzv. 13. schéme, ktoré nakoniec dostalo podobu pastorálnej konštitúcii o Cirkvi v súčasnom svete Gaudium et spes. Nástupca sv. Stanislava chcel, aby ľudia pozerali na vzťah medzi cirkvou a svetom vo svetle personalizmu.
Premostením sú sami súčasní ľudia, presviedčal Wojtyła (a oporu mal tiež v skúsenom teológovi Henry de Lubac), ktorých - ako hovoril neskorší konečný text - "radosť a nádej, smútok a úzkosť (...) je aj radosťou a nádejou, smútkom a úzkosťou Kristových učeníkov a nie je nič naozaj ľudského, čo by nenašlo v ich srdci odozvu" (GS 1). Inými slovami krakovský arcibiskup zdôrazňoval, že cirkev je v stálom dialógu so svetom, že svet nie je niečím vonkajším pre cirkev, ktorá uskutočňuje svoje poslanie vo svete a skrze svet (Daniel Olszewski, Deväť udalostí, ktoré otriasli cirkvou 20. storočia. Poznań 2002, str . 185).
Spolupracovníci na mladého kolegu hľadeli s uznaním. Yves Congar si poznamenal do denníka: "Wojtyła urobil ohromný dojem. Je dominantnou osobnosťou. V jeho osobe je vitalita, magnetická sila, prorocká moc plná pokoja a nepripúšťajúca odmietnutie."
Henri de Lubac sa myšlienkami vracal k vzťahom naviazaným na koncile a neskôr priznal: "Nebolo ťažké v ňom odhaliť človeka veľkého kalibru."
Podobne arcibiskup z Poľska s vďačnosťou spomína na cirkevných hodnostárov, s ktorými ho spojila spoločná práca na podobe koncilovej konštitúcie. Samotný dokument teda zaujal osobitné miesto v srdci neskoršieho pápeža.
V Gaudium et spes nachádzame výroky, po ktorých veľmi často Ján Pavol II. siahol: "Tajomstvo človeka sa naozaj vyjasňuje jedine v tajomstve vteleného Slova. (...) Kristus (...) plne odhaľuje človeka jemu samému a dáva mu poznať vznešenosť jeho povolania" (GS 22) a "človek, jediný tvor na zemi, ktorého Boh chcel pre neho samého, môže sám seba nájsť v plnej miere len v naozajstnom darovaní seba samého" (GS 24).
Wojtyła bol hlboko presvedčený o epochálnom význame koncilu, onoho výnimočného seminára Ducha Svätého.
Po rokoch napísal: "Koncil mal skutočne niečo z Turíc: oslovil biskupov celého sveta - teda cirkev - práve na tých cestách, po ktorých bolo treba sa na sklonku druhého tisícročia vydať "(Prekročiť prah nádeje, kap. 24).
Prijatie jeho dedičstva považoval za jednu z priorít svojho pontifikátu. Najskôr však zdieľal plody II. vatikánskeho koncilu s miestnou krakovskou cirkvou.
Už počas zasadnutia v Ríme priebežne informoval veriacich svojej arcidiecézy o postupe prác, zmobilizoval ich k modlitebnej podpore a prebúdzal tak medzi duchovnými, ako medzi laikmi pocit spolupatričnosti s týmto veľkým dielom všeobecnej Cirkvi.
Po návrate od hrobu svätého Petra v roku 1965 chce koncilové dokumenty prezentovať v podobe prístupnej publikácie: "Koncil je veľkou udalosťou a pre mňa nezabudnuteľný zážitok. Vracal som sa z neho veľmi obohatený. Po návrate do Poľska som napísal knihu, v ktorej som sa snažil prisvojiť si myšlienky, ktoré sa rozvinuli pri zasadnutiach koncilu. Touto knihou som sa snažil obsiahnuť - ak to môžem tak povedať - esenciu koncilovej náuky. Dal som jej názov: K prameňom obnovy: Štúdia o realizácii II. Vatikánskeho koncilu (...). Táto kniha mala zároveň byť určitým druhom vyjadrenia vďačnosti za to, čo Božia láska urobila prostredníctvom koncilového zhromaždenia vo mne samotnom ako v biskupovi "(Vstaňte, poďme !, str. 137).
Masima