Dejiny najslávnejšej mariánskej svätyne siahajú do prastarých čias. Do Santa Maria presso San Celso prichádzali početní pútnici už na konci 4. storočia, na miesto, kde boli nájdené pozostatky mučeníkov svätého Celsa a Nazaria a kde potom v roku 1485, pred zrakmi niekoľkých stoviek svedkov, ožil prastarý obraz Panny Márie s Dieťaťom, ktorý dal namaľovať svätý Ambróz.
Začiatok tejto história spadá do roku 395. Ako dosvedčuje Paulinus z Milána, životopisec milánskeho biskupa Ambróza, "v onom roku na cintoríne pred mestskými hradbami na mieste zvanom Traja muríni (zast. výraz pre černochov) smerom na juh bola nájdená neporušená mŕtvola mučeníka Nazaria. (...) Jeho krv bola taká čerstvá, ako by bola preliata práve tento deň," poznamenáva Paulinus, ktorý bol, ako sám hovorí, očitým svedkom tejto udalosti: "Jeho od tela oddelená hlava bola celistvá a neporušená, ešte s vlasmi a fúzmi, ktoré vyzerali, akoby narástli a boli učesané práve v okamihu, keď bol pochovaný."
Nazarius bol podľa podania pokrstený pápežom Linom a padol za obeť Nerovho prenasledovania. V Paulinovej kronike sa ďalej rozpráva, že svätý Ambróz dal preniesť jeho telo "na nosidlách" z apoštolskej baziliky pri Porta Romana. Potom sa však biskup chcel vrátiť k "Trom murínom", aby sa tu modlil na mieste, kde podľa tradície bol pochovaný iný mučeník, Celsus, ktorý chcel nasledovať Nazaria, opustil svoj domov v Nizze a za prenasledovania cisára Nera našiel svoju smrť.
Táto ústna správa prešla od jedného svedka k druhému, ako rozpráva životopisec: "Strážcovia tohto miesta potvrdzujú, že im rodičia uložili, aby toto miesto nikdy neopúšťali, pretože sa tu nachádzajú veľké poklady." Sú to veľmi spoľahlivé správy, ako zdôrazňuje Paulinus, keď uvážime, že na tomto cintoríne bola krátko na to nájdené telo Celsusa. Svätý Ambróz vydal príkaz, aby nebolo prenesené na iné pohrebisko. Dal postaviť kostol "cella memoriae" stánok na pamiatku: pod oltár dal uložiť svätého mučeníka (sarkofág zo 4. storočia je dodnes vo svätyni zachovaný). Do jedného výklenku, chráneného mrežou, dal umiestniť dojemný obraz Matky Božej s Dieťaťom.
V priebehu storočí slúžilo miesto ďalej ako kresťanský cintorín. A tiež obraz, ktorý tu chcel sv. Ambróz mať, zostal na svojom mieste hneď vedľa miesta posledného Celsovho odpočinku. Ďalej prichádzali pútnici, aby mu vzdávali úctu. A keď farby časom vybledli, nikdy nechýbali ruky nejakého umelca, ktorý im prepožičal sviežosť nového života.
Okolo roku 996 rozhodol milánsky arcibiskup Landolfi z Carcano, aby tu bol postavený väčší chrám, aby tak bol vytvorený priestor pre stále početnejších pútnikov. "Basilichetta" (malá bazilika), ako ju historici nazývajú, bola zverená benediktínom, ktorým patril kláštor, postavený napravo od budovy až do tridsiatych rokov minulého storočia. Okolo kláštora vznikla predmestská štvrť "Borgo di San Celso".
V roku 1430 dal milánsky gróf Filippo Maria Visconti postaviť vedľa "basilichetty" väčšiu budovu. Nový chrám poňal 300 veriacich, ako presne poznamenáva historik z onej doby. A týchto 300 veriacich bolo onoho 30. decembra 1485 svedkami udalosti, ktorá mala poznamenať toto miesto.
Pater Pietro Porro slávil práve pred zaplneným kostolom svätú omšu. Bolo to v piatok okolo 11. hodiny. Postava Matky Božej - aj keď úplne vyblednutá - sa začala pohybovať. Najskôr sa zdvihol závoj, ktorý ju za mrežou zahaľoval. Potom roztiahla svoje ruky a opäť ich zložila. Tiež Jezuliatko naznačilo, že dáva veriacim požehnanie.
"Medzi veriacimi prepukla naozajstná búrka nadšenia, bolo to naozaj dojemné," píše významný historik svätyne Ferdinando Reggiori, "a nadšenie nemalo konca, trvalo ďalej niekoľko dní. Modlitby bezmocných a chorých, milosti a zázračné uzdravenia: celé mesto bolo hore nohami."
Svedectvá svedkov udalosti, ktorá po niekoľkých mesiacoch dosiahla cirkevného uznania (dekrét je datovaný 11. apríla nasledujúceho roka), sú dodnes zachované v archíve mariánskej svätyne. Právoplatné protokoly, starostlivo zaznamenané, svedectvá veriacich najrôznejšieho pôvodu a spoločenského postavenia, ktorí boli pri tom, keď sa stal zázrak.
Tu je jeden z mnohých: "V roku 1486 večer, 7. januára jednu sobotu (...) bol Ján Krstiteľ Stramittis, bytom v Porta Ticinese z farnosti sv. Juraja pri Paláci predvedený a vyzvaný, aby vyznal pravdu ..." Prostý krajčír rozprával, čo pred týždňom videl: "Počas posledného klaňania po svätom prijímaní som videl, ako tvár Panny Márie ožila, mal som dokonca dojem, že sa nakláňa k mrežiam. V tej chvíli som počul, ako ľudia okolo v slzách vykríkli vo všeobecnom vzrušení: Zmilovanie! A vtedy sa zdvihol závoj, ktorý bol za mrežou, spadol dolu a bolo možné vidieť Pannu Máriu najmenej po dobu dvoch Zdravas Mária."
Nič iné sa nestalo. Žiadne slovo, žiadne posolstvo. Vo všetkej prostote, ako naznačil už biskup Ambróz vo svojich kázňach, len návšteva Matky Božej, ako u Alžbety. Zostala u svojich príbuzných, teraz veriacich, po dobou dvoch Ave Maria. To je všetko. Ale veriaci onej doby nič viac nežiadali. Ľudia, ktorí boli na mieste zjavenia, alebo lepšie povedané "vystúpenia", tu chceli postaviť veľký chrám, zasvätený Panne Márii Santa Maria presso San Celso, presne tak, ako to mal pôvodne v úmysle už sv. Ambróz. A v tomto "presso" (blízko) spočíva celá telesnosť a nežnosť tohto "vystúpenia", "pobytu" bez akéhokoľvek pozdvihnutia a bez akejkoľvek rétoriky.
Santa Maria presso San Celso je krásny kostol. Majestátny a pôsobivý ako najkrajšie lombardské chrámy, týči sa vedľa pulzujúcej dopravnej tepny mesta (niekdajšieho Corso San Celso, teraz Corso Italia). Galeazzo Maria Sforza začal stavbu v roku 1493. S prílivom pútnikov bol kostol neskôr rozšírený.
V roku 1513 bola pristavaná krásna stĺpová loď, taká krásna a pozývajúca, akoby určená k tomu, aby zaviedla pútnikov priamo na miesto zázraku. Vo vnútri svätyne stojí malá skriňa s lombardskými umeleckými pokladmi. Nie sú tu však žiadne jasné dôkazy udalosti, ku ktorej došlo na tomto mieste pred viac ako 16 storočiami. Pod hlavným oltárom v sklenenej urne sú uložené v pozlátených paramentoch ostatky sv. Celsa, svätca, ktorý už v mladosti podstúpil mučenícku smrť. Poukazovanie "blízko" znamená, že sa tu musí nachádzať aj Matka Božia.
Skutočne to takto je: stojí tu malý oltár, nenápadný a schovaný pod nádherným barokovým oltárom, pristavený k ľavému stĺpu. Kto chce uvidieť Matku Božiu, musí si kľaknúť. Je to skutočne dojemný obraz, zubom času vyblednutý, skoro zvrásnený. Mária, ktorá sa s nežnosťou pozerá na Ježiška, a Ježiško, ktorý s nemenej nežným gestom berie jej ruku do svojich. Nachádza sa vo výklenku v stene ako okno s mnohými priečkami. A z tohto okna vyzerá Maria. Tí starší medzi veriacimi ju poznajú ako "Matku Božiu sv. Ambróza a zázraku ". Tým zázrakom v jednotnom čísle je mienené jednoduché vyzeranie a radosť, ktorú vyvolá u všetkých, ktorí pokľaknú, aby mohli vidieť jej tvár.