Mier netrval dlho. Pápež Urban si kvôli svojej strohosti získal mnoho nepriateľov a v samotnom Ríme boli stúpenci vzdoropápeža. Niekoľkým úkladom o jeho život sa podarilo zabrániť, ale i tak žil vo Vatikáne takmer ako zajatec.
Z Kataríniných listov vanul súcit s úbohým kresťanským ľudom. Jej tajomník Rajmund ani nedošiel do Paríža, na Urbanov rozkaz už v Janove kázal o krížovej výprave. Katarína vo svojich modlitbách ponúkala Bohu obeť svojho života za pokoj v cirkvi. V Ríme však vypuklo otvorené povstanie proti pápežovi Urbanovi, ale on zostal vo Vatikáne a nepripravoval sa na obranu.
Rozbúrení ľudia však vnikli do Vatikánu, vyrazili bránu, dvere a vnikli do pápežových komnát, pričom na ich čele boli najvyhlásenejší bojovníci. Keď sa ocitli v trónnej sále, Urban im vyšiel v ústrety s krížom v pravici. Mlčky sa posadil na trón a nebojácne pozeral na svojich nepriateľov. Zúrivci zastali v nemom úžase nad pápežovým majestátom a sklonili sa pred ním aj zbrane. Nakoniec sa ich opýtal Ježišovou otázkou - Koho hľadáte? Traduje sa, že keby v tej chvíli ich bol uvítal dážď šípov, neboli by tak rýchlo ustúpili, ako teraz. Pápež sa ocitol sám.
Katarína tiež nezaháľala, snažila sa upokojiť dav, čo sa aj o tri dni podarilo a právom sa vravelo, že sa vtedy Katarína stala paňou Ríma. Pracovala nadľudsky, bez jej rady by sa nič dôležitého nestalo a pápež jej dal najrozsiahlejšie zmocnenie, ktoré využívala pre blaho cirkvi. Denne ju navštevovali mešťania, radili sa s ňou mocní a túžili po nej aj väzni. Katarína sa každý deň modlila v chráme svätého Petra za ľud, v modlitbách bdela i po celé noci aj doma, čo sa odzrkadlilo na jej zdravotnom stave. Jej postava bola už takmer priehľadná. Dalo by sa povedať, že vyzerala ako chodiaca mŕtvola.
Ale ani tak neupustila od denných prechádzok ulicami Ríma pričom, hoci ju trápili rôzne ťažkosti a choroby, neustále sa vľúdne usmievala. Ale až keď sa nepokoj ako-tak utíšil, pocítila, že stráca telesnú silu. A hoci v častom kontakte s pápežom, stále mu píše o všetkom, čo má na srdci, zvlášť ho nabáda k umiernenosti a mierumilovnosti.
Písala aj iným - priateľom i príbuzným, v ktorých sa s nimi nežne lúči. Píše o presvedčení, že jej všetky podivuhodné osudy i osudy priateľov sa až do najmenších podrobností diali z vôle Prozreteľnosti. Veľmi pekný list napísala napr. Rajmundovi, ktorý začal klesať na mysli.
V posledných rokoch svojho života (1379 - 1380) napísala verejne známe modlitby a boli napísané práve v Ríme. Posledná jej modlitba pochádza z februára 1380, pričom ju písala vo veľkých bolestiach, lebo ku všetkým doterajším ťažkostiam utrpela aj úraz, keď spadla zo schodov v chráme svätého Petra. Je to táto modlitba: "Večný Bože a Majster, ktorý si nádobu tela vytvoril z prachu zeme, ktorý si stvoril telo takým maličkým a naplnil veľkým pokladom duše, ktorá je stvorená na Tvoj obraz, ó Večný, ty môžeš túto krehkú nádobu stvoriť i obnoviť, zničiť i obrátiť v skazu. Ponúkam ti svoj život za tvoju sladkú nevestu, Cirkev.
Večný Bože, odporúčam ti všetky svoje milované deti, aby si ich nenechal ako siroty. Spoj ich navzájom putom lásky. Zaprisahám ťa, Pane, daj, nech sa žiadne z nich nestratí, aby ani jedno z nich nebolo pred tebou ulúpené. Odpusť mi moju nevedomosť, nedbalosť a hriech! Nevykonala som pre nich, čo som mala vykonať. Hrešila som, môj Bože, zmiluj sa nado mnou. Prinášam ti a kladiem na tvoje srdce všetkých, ktorých milujem, lebo oni sú mojou vlastnou dušou. Ak je to Tvoja vôľa, aby si ma pre nich ešte udržiaval v tele, potom zahoj toto telo a obnov ho, lebo sa rozpadlo na samé malé kúsky. Daj nám, večný Otče, áno, daj nám svoje nebeské požehnanie. Amen."
Katarína od tretej pôstnej nedele už nemohla opustiť lôžko. Jej telo odumieralo za veľkých bolestí, ale myseľ mala stále jasnú, svedčia o tom listy, ktoré krátko pred smrťou diktovala Barduccimu a je v nich aj správa o jej chorobe. Bola však veľmi trpezlivá a velebila Boha i za túto skúšku.
Pred smrťou zavolala všetkých svojich priateľov a s očami upretými na kríž hovorila vyznanie Bohu a prosila za svoje duchovné deti. Všetkých odprosovala a žiadala ich, aby zotrvali na Božích cestách. Vravela: "... aby ste zostali tým, čím som vás často nazývala, mojou radosťou a korunou." Zvlášť ich napomínala, aby nikdy nepohŕdali žiadnym Božím tvorom.
Alessiu vymenovala za predstavenú sienských matelantiek, potom si vyžiadala od svojej matky bozk a naopak, jej staručká matka si od dcéry vyžiadala požehnanie. Ale ešte stále nebola "v cieli". Ešte raz nadobudla sily a prijala posledné pomazanie. Na jej tvári sa jasne odzrkadľoval boj s hrôzou posledných pokušení. Potom sa však usmiala a prosila o Božie zmilovanie. Oči sa rozžiarili, a pomodlila sa za svojich najbližších a všetkým aj požehnala.
29. apríla 1380 33-ročná Katarína skonala so slovami - Do Tvojich rúk porúčam svojho ducha. Jej telo bolo potom vystavené v Santa Maria sopra Minerva, kde sa s ňou prišlo rozlúčiť niekoľko tisíc ľudí, aby si ju už vtedy uctili ako sväticu.
Masima - Verím a Dôverujem