Svätý Alojz po svojej smrti veľmi skoro urobil prvý zázrak, a vykonal ho na svojej drahej matke, ale nezabudol ani ostatných príbuzných. Svoje zázraky vykonal aj na služobníctve a tiež pomáhal spolubratom v reholi.
Dva roky po smrti svätého Alojza (20. jún 1591) sa jeho brat Rodolfo vybral 3. júla 1593 na svätú omšu. A práve keď išiel do chrámu Pána, sa stal obeťou úkladnej vraždy.
V tom istom roku zomrela Alojzovej matke pani Marte aj dcéra Isabella. Mladší Alojzov brat, markíz Francesco, vtedy šestnásťročný, nastúpil na panstvo a Castelgoffredo bolo pripojené ku castiglionskému panstvu. Lenže to sa tamojším obyvateľom nepáčilo. Vzbúrili sa proti nemu a nešťastná pani Marta na následky toho veľmi ťažko ochorela. Dokonca už za niekoľko dní prijala svätú sviatosť umierajúcich.
Mysleli, že čoskoro zomrie, ale zrazu sa pri jej posteli objavil v celej kráse a oslávení jej miláčik Alojz. Milostne sa na ňu pozrel a ten pohľad ju tak dojal, že ona, ktorá do tejto chvíle nemohla vyroniť ani jednu slzu, začala prelievať vrelé slzy.
Zrazu sa vzchopila a zvolala: „Ach, môj milý syn, môj svätý syn, vraciaš mi život!“ Svätý v tom okamihu zmizol a markíza Marta zdvihla ruky k nebu a opätovne zvolala: „Som zdravá! Za svoje zdravie som dlžná po Pánu Bohu môjmu dobrému Alojzovi. Nech mi prinesú šaty, chcem vstať a na kolenách za to ďakovať Pánu Bohu.“
A naozaj sa stalo, že nielen vstala a bola uzdravená, ale dostalo sa jej potešenie, že sa urovnali rodinné záležitosti a aj Francescovi sa viedlo lepšie. To bol prvý zázrak, ktorý svätý Alojz vykonal po svojej smrti na svojej dobrej matke, markíze Marte. Ona sama o tomto zázračnom uzdravení rozprávala a potvrdila prísahou pred súdom v Castiglione.
V roku 1668 pomohol zasa svätý Alojz svojej neteri Cintii Gonzagovej, najstaršej dcére Rodolfa, castiglionského markíza a kláštornej panne zo zhromaždenia Ježišových panien v Castiglione od silnej bolesti srdca iba dotknutím sa jeho svätých ostatkov.
Ďalšiu neter Johannu, dcéru markíza Francesca, vydatú za českého grófa Martinice, zachránil pred smrťou. V roku 1674 bola na púti pri Sasso vo Valtelline, kde sa uctieva svätý Alojz a diali sa mnohé zázraky. Tam sa zrútila aj s vozom do priehlbiny, kde tiekla rieka Adria. Sprievodcovia sa zbehli pani na pomoc, ale všetko sa zdalo márne. Zrazu uvideli grófku, ako sedí so psíkom, koňmi a vozom na brehu rieky. Chýbala len plachta od vozu, ktorá odletela. Pani Johanna sa odporúčala príhovoru Matky Božej a svätého Alojza, vtedy sa jej zdalo, akoby ju akási ruka niesla do priehlbiny.
Svojej švagrinej, pani Helene, rodenej Aliprandiovej, vdove po Rodolfovi a po jeho smrti vydatej za Claudia Gonzagu, markíza v Pallazzolo v monferatskom vojvodstve, sa svätý Alojz ukázal týždeň pred jej smrťou a predpovedal jej hodinu smrti. Stalo sa to v roku 1608.
Sigmund Myszkovsky Gonzaga, markíz Myrowa, príbuzný svätého Alojza v štvrtom stupni, maršál poľskej koruny, ktorého do rodu Gonzaga prijal knieža z Mantova Guglielmo, bol v roku 1605 vyslaný poľským kráľom Žigmundom III. do Korutánska, aby mu priviedol novú poľskú kráľovnú Konstanciu, rakúsku vojvodkyňu, manželku Žigmunda III. do Krakova. Počas cesty sa zdržal v Prahe, kde od španielskeho vyslanca dostal knižku, v ktorej sa opisovali cnosti a zázraky svätého Alojza a bola tam pridaná aj jeho podobizeň. Potom pokračoval v ceste a 10. októbra, po svätej omši v Budějoviciach náhle ochorel. Miesto pokračovania v ceste musel ľahnúť do postele. Lekári však diagnózu nevedeli určiť. Sigmund trpel až do polnoci a pretože nevedel zaspať, začítal sa do podarovanej knihy. Potom sa pozeral na obrázok svätého Alojza a spomínajúc na jeho zásluhy pocítil veľkú dôveru v moc mladého svätca a začal ho vrúcne vzývať. Po modlitbe zaspal a niekoľko hodín spal pokojným spánkom. Keď sa prebudil, zistil, že je celkom zdravý. Ďakoval za toto uzdravenie Pánu Bohu i svätému Alojzovi a poslal na jeho hrob ďakovnú tabuľku. Neskôr rozprával o chorobe a zázračnom uzdravení pred cirkevným biskupským súdom v Krakove a potvrdil to prísahou. Opis tohto zázraku bol vytlačený v Krakove aj s kázaním, ktoré sa konalo v Lubline k úcte svätého Alojza.
Svätý Alojz nezabudol v nebi ani svoje verné služobníctvo. Pomohol svojej dojke Camille Ferrari a svojmu komorníkovi Clementovi Ghisonimu. Camilla, manželka Giovanniho Ferrari bola osem rokov trápená tuberkulózou a zimnicou. Raz sa pozerala na obraz svätého Alojza, vzývala ho a pripomínajúc mu lásku, s ktorou sa o neho starala mu sľúbila, že mu obetuje strieborné srdce. Sotva to dopovedala, hneď sa jej uľavilo, zimnica bola preč a cítila sa dobre. Nepochybovala o tom, že ju uzdravil náš milý svätý.
Starý komorník Ghisoni, ktorý sa neskôr stal u kniežaťa Francesca hofmajstrom a býval v Ríme, dostal v roku 1606 od svätého Alojza veľkú milosť. Komorník totiž jedného dňa našiel v účtoch položku 500 dukátov, s ktorou si nevedel nijako poradiť. Úbohý starec mal kvôli tomu až smrteľnú úzkosť, čo na to asi jeho pán povie. Ale spamätal sa, prosil svojho dobrého pána o pomoc a pripomínal mu svoje verné služby, ktoré mu počas jeho života vo svete preukazoval. Keď sa ráno prebudil, počul hlas, ktorý mu v srdci zreteľne hovoril: „Pozri sa do účtov správcu, tam nájdeš, čo hľadáš.“ Naozaj tam našiel tie peniaze zaznamenané. Hneď sa ponáhľal poďakovať sa k hrobu svätého Alojza a potom išiel na svätú omšu.
Keď svätý Alojz zomieral, sľuboval svojim rehoľným spolubratom, že na nich nezabudne a bude ich milovať ešte dokonalejšie. A naozaj sa o všetkých staral, veľmi im pomáhal v ich chorobách. V rímskom inštitúte žil člen Ježišovho Tovarišstva Giovanni Giustiniani z Janova, ktorý 3. júna 1603 dostal do pravého boku strašné bolesti, ktoré sa spájali s močovým kameňom. Hneď zavolali zbor lekárov na poradu. Potom mu predpísali rôzne lieky, obklady, mazanie, teplé olejové kúpele, ranné a popoludňajšie prechádzky a podobné očisťujúce a utišujúce prostriedky. Všetko márne, nič nepomáhalo. Keď choroba trvala už desať dní a chorý necítil žiadnu úľavu, dokonca sa zdalo, že zomrie, lekári vraveli, že ho otcovia môžu zaopatriť svätými sviatosťami. Na desiaty deň mu však bolo veľmi zle, vtedy pojal veľkú dôveru k svätému Alojzovi a pretože sa nemohol postaviť na nohy, dal sa dvomi bratmi doviesť k jeho hrobu v kostole. Tam si kľakol, niekoľkokrát pobozkal podlahu a pomodlil sa niekoľko modlitieb, veľmi snaživo prosiac svätého Alojza, aby mu u Pána Boha vymohol zdravie. Sľúbil, že keď sa uzdraví, bude sa po celý rok modliť k jeho úcte päť Otče náš a päť Zdravas a pokiaľ bude v Ríme, každý deň navštívi jeho hrob. Takto si ho vyvolil za svojho zvláštneho ochrancu a sľúbil, že na jeho hrob zavesí striebornú ďakovaciu tabuľku.
Keď sa vrátil do cely, prežil strašnú noc. Zdalo sa mu, že sa zadusí, a na jedenásty deň boli jeho ruky, nohy, kosti a celé telo opuchnuté. Tepna mu pulzovala veľmi pomaly a ťažko sa mu dýchalo. Privolaný lekár povedal, že už niet pomoci a opatrovateľovi chorých vravel, aby mu predstavení podali sväté prijímanie, chorý tu už dlho nebude. Keď pacient počul takúto novinu, obnovil sľub, ktorý spravil večer, vzal do ruky ostatky svätého Alojza, ktoré mu priniesol Páter rektor, úctivo ich pobozkal a prežehnal nimi chorú časť tela. Zrazu sa mu vo vnútri odlúpil kameň, ktorý za ďalších jedenásť dní celkom zmizol. Bolesť hneď pominula a on ešte v ten deň začal plniť svoj sľub, na druhý deň navštívil hrob svätého Alojza, kde sa mu poďakoval a celkom zdravý sa vrátil do inštitútu.
21. júna, v deň blaženej smrti svätého Alojza, zavesil na jeho hrob striebornú ďakovaciu tabuľku a v zvláštnej listine opísal celý priebeh choroby aj s uzdravením.