Jej muky popísal v jednom zo svojich listov vtedajší alexandrijský biskup Dionysos, ktorý tvrdil, že trýznitelia vyrazili (alebo vytrhali kliešťami) všetky zuby a potom jej rozdrvili čeľusť. Ich krutosť nemala hranice, lebo ju popritom neustále mučili ohňom a vyhrážali sa jej upálením zaživa. Zúfalá a od bolesti šialená žena sa tyranom v nestráženej chvíli vytrhla a sama sa vrhla do plameňov, v ktorých našla vyslobodenie - smrť.
Apolónia je uctievaná ako patrónka zubných lekárov a technikov a už od skorého stredoveku sa k nej tiež uchyľujú ľudia, ktorí majú bolesti zubov, či nejaké problémy so zubami, alebo majú strach zo zubárov. Preto k jej atribútom patria kliešte, niekedy so zubom, ktoré drží v ruke, potom aj zuby, dláto, nôž, horiaca hranica, kniha, palmová ratolesť či mučenícka koruna.
V roku 248 po narodení Spasiteľa žil v Alexandrii jeden pohanský veštec, ktorý nenávidel kresťanov, pretože boli nepriatelia jeho skazonosného umenia. Búril proti nim krajanov pod zámienkou, že sa úcta k bohom nachádza v nebezpečenstve. Pobúrení ľudia potom začali prenasledovať svojich kresťanských spoluobčanov a páchali na nich tie najukrutnejšie neprávosti v zaslepenej domnienke, že ukrutnosťami vzdávajú úctu bohom.
Zúrivé hordy pohanov prepadávali domy kresťanov, kradli a brali všetko, čo sa im dostalo do rúk a to, čo nemohli odniesť, vyhodili na ulicu a tam to spálili. Aj preto sa mnohí kresťania rozhodli nájsť záchranu v úteku, no nie všetkým sa to podarilo.
Medzi tými, ktorí spadli do rúk krvilačných pohanov bola aj ctihodná panna Apolónia. Pohania ju nútili, aby sa rúhala proti Ježišovi Kristovi, no odpovedala vyznaním a oslavovaním viery v Ježiša. Modloslužobníci šaleli zlosťou, ale Apolónia nič nedbala a pred rozzúreným davom povedala: "Pokiaľ budem žiť v tomto krehkom tele, moje ústa a jazyk budú neustále chváliť a velebiť všemohúceho Boha. Modly sú len diabli, ale iba jeden pravý Boh, Ježiš Kristus a len jemu sa musím klaňať." Týmito slovami rozhorčení pohania sa na ňu vrhli a mlátili po tvári, až jej vyrazili všetky zuby. Ale Apolónia ani tak nepopustila. Celkom odovzdaná do vôle Božej v tichosti nesmierne trpela, pričom neustále hľadela k nebesiam.
Jej odovzdanosť ešte viac priliala olej do ohňa zlosti, pohania postavili uprostred mesta veľkú hranicu, doviedli k nej Apolóniu a hrozili, že keď sa nebude rúhať kresťanskému Bohu, hodia ju do ohňa. Na okamih sa zdalo, akoby svätica nad ich slovami premýšľala, no ona bola ponorená do tichej, vrúcnej, na tomto svete poslednej, modlitby.
Pohania, natešení, že v nej vyvolali duševný boj, na okamih stratili ostražitosť a vtedy Apolónia, vyzdvihnutá akoby nadzemskou mocou, sama skočila do ohňa. Do výšin šľahajúci plameň horiacej hranice bol jej rebríkom k nebesiam.
Modlitba.
Všemohúci Bože a Otče, dopraj mi milostivo, aby som v žiadnej životnej situácii nestratil k Tebe dôveru, ale aby som sa radšej vo svojich potrebách utiekal k tvojej otcovskej dobrote a láske a zmužilo vytrval v bolestiach a krížoch až do konca. Amen.
Masima - Verím a Dôverujem